गणपतीच्या पूजेमध्ये शमीचे महत्त्व अनन्यसाधारण आहे. त्यातून गणपतीचे अधिष्ठान त्या शमी वृक्षाच्या खालीच असेल तर त्याचे महत्त्व आणखीच द्विगुणित होते. पुण्यातील शनिवार पेठेतील नेने घाटाजवळ असलेला वरद गणपतीचे स्थानही असेच महत्त्वाचे आहे. हा वरद गणपती शमीवृक्षाखाली विराजमान आहे. यामुळे या गणपतीस सांस्कृतीकदृष्ट्या अधिक महत्त्व आहे. स्वतंत्रोत्तर काळातील इतिहासामुळे अनेक पुणेकरांची मनोभावनाही या गणपतीशी जोडली गेली आहे.

चिंचवड गावाजवळ राहणाऱ्या रामचंद्र विष्णु गुपचूप यांनी 12 फेब्रुवारी 1892 मध्ये हे मंदिर बांधले. मूर्तीची स्थापना मोरेश्‍वर शास्त्री दीक्षित यांनी केली. त्यामुळे या गणपतीला गुपचूप गणपती असेही पुढे नाव पडले. पुढे सन 1894 मध्ये लाकडी सभामंडप बांधण्यात आले.
मंदिराची वास्तू जुनी असली तरी तेथे कुटुंबांचे वास्तव्य असल्याने ते सुस्थितीत आहे. लाकडी दिंडी दरवाजा, दुमजली सभामंडप, भाविकांना बसण्यासाठी ऐसपैस जागा आहे.

याचा कळस दगडी असून गाभाराही दगडीच आहे. त्यामध्ये तीन फूट उंच, चतुर्भुज आणि अर्धपद्मासनात असलेली वरद गणेशाची मूर्ती आहे. मूर्तीला शेंदूर लेपन केले असून मूर्तीचे हात अभ्यमुद्रेत आणि सोंड डाव्या बाजूला आहे. मूर्तीला मुकुट नसल्याने कान गंडस्थळ स्पष्टपणे दिसतात. मूर्तीला पाहिल्यानंतर मनात प्रसन्न भाव उमटतात. या मूर्तीच्या दर्शनासाठी लोकमान्य टिळक येत असल्याचे सांगितले जाते. काही वैयक्‍तिक संकटात या वरद गणपतीची प्रचिती टिळकांना आल्याचेही बोलले जाते.

आजही हे मंदिर गुपचूप यांच्याच मालकीचे आहे. हे मंदिर नदीकाठी म्हणजे घाटावरच असल्याने 1961 मध्ये पानशेत धरण फुटल्यानंतर या मंदिरातील गर्भगृहात पाणी शिरले होते, याशिवाय कळसही पाण्याखाली गेले होते. तरीही या मंदिराचे कोणतेही नुकसान झाले नाही.